Το 1997, υπέγραψε στην Ρεάλ Οβιέδο όμως η ομάδα υποβιβάστηκε και στο τέλος της σεζόν επέστρεψε στην Αργεντινή, όπου έπαιξε για τη Ρίβερ Πλέιτ και τη Σαν Λορέντζο. Την περίοδο 2000/01 έπαιξε για την UANL Τίγκρες στο Μέξικο, την επόμενη χρονιά έπαιξε στη Ντεπορτίβο Μαλντονάδο στην Ουρουγουάη από όπου όμως έφυγε και επέστρεψε στην Ελλάδα, παίζοντας για τον Ακράτητο. Στο τέλος της περιόδου 2001/02 ανακοίνωσε την αποχώρησή του από την ενεργό δράση. Από το 2004, είναι προπονητής της ομάδας νέων της Ρίβερ Πλέιτ.
Έμαθε τα μυστικά της μπάλας στις ακαδημίες της Ρίβερ Πλέιτ και έκανε το ντεμπούτο του στην ανδρική ομάδα της το 1988, ως επιθετικός μέσος. Τα επόμενα χρόνια πήρε δύο πρωταθλήματα με τους «εκατομμυριούχους» και το 1991, στα 21 του, επέλεξε να κάνει το υπερατλαντικό άλμα και να υπογράψει στον Παναθηναϊκό! Τέλη Νοεμβρίου του 1991 και η «Αθλητική Ηχώ» γράφει ένα νούμερο σοκαριστικό για την εποχή που όμοιό του είχε γραφτεί μόνο από τη μεταγραφή του Λάγιος Ντέταρι (Lajos Détári) στον Ολυμπιακό του Κοσκωτά. 900 εκατ. δραχμές για τον Μπορέλι δίνει ο Παναθηναϊκός, έγραφε η εφημερίδα. Ο Χουάν Χοσέ Μπορέλι έφτασε στις 29 Νοεμβρίου 1991 στην Ελλάδα και μπορεί να κόστισε τα μισά σχεδόν απ’ όσα γράφτηκαν αλλά στο αεροδρόμιο στην υποδοχή του βρέθηκαν περισσότεροι από 4.000 φίλοι του Παναθηναϊκού. Έβλεπαν το νέο Μεσσία της ομάδας στο πρόσωπο του νεαρού Αργεντινού, ο οποίος θεωρούνταν ένα από τα αστέρια της τότε πρωταθλήτριας Αργεντινής Ρίβερ Πλέιτ.
Ο Μπορέλι μπορεί να έφτασε εν χορδαίς και οργάνοις στην Ελλάδα αλλά στον Παναθηναϊκό τα «βρήκε σκούρα». Το εντελώς διαφορετικό στυλ του ευρωπαϊκού με το λατινοαμερικάνικο ποδόσφαιρο μπέρδευε τον Μπορέλι. Η δε σωματοδομή του δεν ενθουσίαζε (1,71 μ. ύψος και πολύ αδύνατος με μυϊκό σύστημα που «φώναζε» ότι χρειάζονταν δουλειά). Όπως ο ίδιος έχει εκμυστηρευτεί «στο πρώτο μου παιχνίδι στον Παναθηναϊκό παίξαμε με τον Πανιώνιο και δεν ακούμπησα τη μπάλα». Ο τότε προπονητής του Τριφυλλιού, Βασίλης Δανιήλ είχε σοβαρές επιφυλάξεις. Ο Αργεντινός δεν του γέμιζε το μάτι. «Πώς να το βάλω να παίξει αυτό το παιδάκι; Δεν βλέπετε πως είναι; Φυσάει και πέφτει κάτω. Ούτε να κλωτσήσει δεν μπορεί», είχε πει ο «προφήτης». Ο Δανιήλ δεν συνυπήρξε πολύ με τον Μπορέλι. Αλλά τα πράγματα δεν βελτιώθηκαν για τον Αργεντινό ούτε με την αλλαγή τεχνικού.
Ο Ίβιτσα Όσιμ (Ivan "Ivica" Osim) ήταν λάτρης της τακτικής, είχε πρωτοποριακές για την εποχή απόψεις και μεθόδους. Ο Μπορέλι δεν χωρούσε σε αυτά. Για δύο χρόνια ο Αργεντινός ήταν μεταξύ φθοράς και αφθαρσίας, αφού παρότι ο Γιώργος Βαρδινογιάννης πίεζε τον Όσιμ να αξιοποιήσει τη μεγάλη οικονομική επένδυσή του - είχε υπογράψει πενταετές συμβόλαιο - ο Βόσνιος ήταν ανένδοτος. Ώσπου στο τέλος της σεζόν ήρθε η αλλαγή που ανέστησε τον Μπορέλι. Ο Γιώργος Βαρδινογιάννης απομάκρυνε τον Όσιμ και εμπιστεύτηκε τον Χουάν Ραμόν Ρότσα (Juan Ramón Rocha) παρά την απειρία του στους πάγκους.
Ο Ρότσα ήξερε τον Μπορέλι ως συμπατριώτες και τον εμπιστεύτηκε άμεσα. Και τότε το «δεκάρι» που φορούσε τη «βαριά» φανέλα με το «7» που άφησε ο Δημήτρης Σαραβάκος φεύγοντας, πήρε πάνω του τον Παναθηναϊκό. Ο Μπορέλι ξεδίπλωσε όλες του τις ικανότητες. Χάρη στην εκπληκτική τεχνική του μοίραζε με τρομερή συχνότητα κάθετες πάσες ή μπαλιές – «τρύπες», χάρη στην ταχύτητά του ξεπερνούσε σαν άνεμος τους αντιπάλους, χάρη στο ταλέντο του σκόραρε. Τη σεζόν 1994/95 έβγαλε πρώτο σκόρερ τον Κριστόφ Βαζέχα (Krzysztof "Kristof" Warzycha) με 29 γκολ (τότε βγήκε και το σύνθημα «Μπορέλι μαγεία, Βαζέχα ευστοχία»), κράτησε 7 για τον εαυτό του και ο Παναθηναϊκός πήρε ένα από τα πιο άνετα πρωταθλήματα της ιστορίας του. Τη σεζόν 1995/96 έκανε σχεδόν τα πάντα. Πέτυχε 11 γκολ, το ένα πιο κρίσιμο από το άλλο. Σκόραρε στο «Καραϊσκάκης» στη νίκη 2-1 επί του Ολυμπιακού, πέτυχε το μοναδικό γκολ του αγώνα στον… τελικό τίτλου με την ΑΕΚ, τη Μεγάλη Τετάρτη, 31 Μαρτίου και σφράγισε το πρωτάθλημα με το γκολ του στην Τούμπα που έδωσε τη νίκη με 1-0 επί του ΠΑΟΚ.
Λίγες μέρες πριν από εκείνο τον τελικό με την ΑΕΚ, ο Παναθηναϊκός υποδέχθηκε τη Λέγκια στη ρεβάνς του 0-0 στη Βαρσοβία. Νίκη σήμαινε πρόκριση στα ημιτελικά του Τσάμπιονς Λιγκ. Και ήρθε θρίαμβος με 3-0. Ο Μπορέλι «μάγεψε» και σε αυτό το ματς. Εκτός των άλλων σκόραρε ένα γκολ – ποίημα. Όπως είχε ανοίξει ο ίδιος με το γκολ στη Ριέκα επί της Χάιντουκ το δρόμο για τη μεγάλη πορεία, έτσι σφράγιζε μια σημαδιακή πρόκριση. Με τη λήξη εκείνης της σεζόν ο Μπορέλι απευθύνθηκε στον Γιώργο Βαρδινογιάννη για το συμβόλαιό του, το οποίο θα έληγε έξι μήνες αργότερα. «Όταν έρθει η ώρα θα τα πούμε», του απάντησε ο Καπετάνιος. Και τότε ήρθε η πρόταση της ισπανικής Οβιέδο. Ο Μπορέλι δελεάστηκε από τα χρήματα και την πρόκληση της Πριμέρα Ντιβιζιόν, φοβήθηκε ότι ο Βαρδινογιάννης θα τον «κρέμαγε» και υπέγραψε στην Οβιέδο εν αγνοία του Παναθηναϊκού. Λίγο πριν λήξει το συμβόλαιό του, ο Βαρδινογιάννης τον κάλεσε και του έκανε μια πρόταση που μάλλον ούτε στα όνειρά του θα περίμενε ο Μπορέλι. Και τότε έγινε το απίστευτο. Υπέγραψε και στον Παναθηναϊκό! Τότε αποκαλύφθηκε και η άλλη υπογραφή. Η υπόθεση πήγε μακριά, μέχρι τη FIFA, η οποία εν τέλει αναγνώρισε ως ισχύουσα την πρώτη χρονικά υπογραφή του, δηλαδή στην Οβιέδο. Το χειμώνα του 1996 ο Μπορέλι αναχωρούσε.
Έπαιξε, συνολικά, 86 φορές στην Α' Εθνική, σκοράροντας 26 τέρματα. Πανηγύρισε την κατάκτηση 2 πρωταθλημάτων και 3 Κυπέλλων Ελλάδος, ενώ είχε τεράστια συμβολή στην αλησμόνητη πορεία του Παναθηναϊκού ως τους ημιτελικούς του Τσάμπιονς Λιγκ την περίοδο 1995/96, κατά τη διάρκεια της οποίας πέτυχε μερικά πολύτιμα γκολ!
Στον Παναθηναϊκό οι οπαδοί μόνο που δεν έκλαιγαν με τη φυγή του ηγέτη της ομάδας. «Ο Παναθηναϊκός δεν έχει ανάγκη εμένα. Έχει τώρα τον Νίκο Λυμπερόπουλο», είπε προφητικά φεύγοντας από την Ελλάδα ο Μπορέλι. Ο Αργεντινός δεν είχε τύχη στην Οβιέδο αφού υποβιβάστηκε. Επέστρεψε στην Αργεντινή και στην αγαπημένη του Ρίβερ Πλέιτ. Κατόπιν μεταπήδησε στη Σαν Λορέντσο και το 2000 πήγε στην Τίγκρες ενώ το 2001 μετακόμισε στην Ουρουγουάη για τη Μαλντονάντο. Το 2002 επέστρεψε στην Ελλάδα. Αυτή τη φορά για λογαριασμό του Ακράτητου. Ήταν, όμως, πια ένας αγνώριστος Μπορέλι. Αν και μόλις 32 είχε πάρει κιλά, είχε βαρύνει και βέβαια είχε χάσει όλα εκείνα τα στοιχεία που είχε στον Παναθηναϊκό. Μόλις ολοκληρώθηκε η σεζόν ανακοίνωσε το τέλος της ποδοσφαιρικής του καριέρας.
Με την εθνική ομάδα της Αργεντινής , αγωνίστηκε για 2 χρόνια, από το 1995 έως το 1997, συμμετέχοντας σε 7 αγώνες των «αλμπισελέστε».
Έβγαλε μια σχολή προπονητικής και το 2004, ανέλαβε προπονητής στα τμήματα υποδομής της ομάδας που τον ανέδειξε, της Ρίβερ Πλέιτ. Το 2009 πήγε βοηθός του Φερνάντο Γκαμπόα (Fernando Andrés Gamboa) στην Τσακαρίτα Τζούνιορς ενώ το 2010 τον ακολούθησε στην Κολόν Σάντα Φε, όπου και έμεινε έως τον Απρίλιο του 2011.
Στον Παναθηναϊκό οι οπαδοί μόνο που δεν έκλαιγαν με τη φυγή του ηγέτη της ομάδας. «Ο Παναθηναϊκός δεν έχει ανάγκη εμένα. Έχει τώρα τον Νίκο Λυμπερόπουλο», είπε προφητικά φεύγοντας από την Ελλάδα ο Μπορέλι. Ο Αργεντινός δεν είχε τύχη στην Οβιέδο αφού υποβιβάστηκε. Επέστρεψε στην Αργεντινή και στην αγαπημένη του Ρίβερ Πλέιτ. Κατόπιν μεταπήδησε στη Σαν Λορέντσο και το 2000 πήγε στην Τίγκρες ενώ το 2001 μετακόμισε στην Ουρουγουάη για τη Μαλντονάντο. Το 2002 επέστρεψε στην Ελλάδα. Αυτή τη φορά για λογαριασμό του Ακράτητου. Ήταν, όμως, πια ένας αγνώριστος Μπορέλι. Αν και μόλις 32 είχε πάρει κιλά, είχε βαρύνει και βέβαια είχε χάσει όλα εκείνα τα στοιχεία που είχε στον Παναθηναϊκό. Μόλις ολοκληρώθηκε η σεζόν ανακοίνωσε το τέλος της ποδοσφαιρικής του καριέρας.
Με την εθνική ομάδα της Αργεντινής , αγωνίστηκε για 2 χρόνια, από το 1995 έως το 1997, συμμετέχοντας σε 7 αγώνες των «αλμπισελέστε».
Έβγαλε μια σχολή προπονητικής και το 2004, ανέλαβε προπονητής στα τμήματα υποδομής της ομάδας που τον ανέδειξε, της Ρίβερ Πλέιτ. Το 2009 πήγε βοηθός του Φερνάντο Γκαμπόα (Fernando Andrés Gamboa) στην Τσακαρίτα Τζούνιορς ενώ το 2010 τον ακολούθησε στην Κολόν Σάντα Φε, όπου και έμεινε έως τον Απρίλιο του 2011.
PALMARES
Περίοδος: Σύλλογος, Συμμετοχές (Γκολ)Εφηβική καριέρα
- -1990: Club Atlético River Plate
Επαγγελματική καριέρα
- 1990/91: Club Atlético River Plate, 35 (3)
- 1991-1996: Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος, 86 (26)
- 1996/97: Real Oviedo Club de Fútbol, 20 (1)
- 1997/98: Club Atlético River Plate, 8 (1)
- 1998-2001: Club Atlético San Lorenzo de Almagro, 25 (0)
- 2000/01: Club Atletico Tigre, 0 (0)
- 2001/02: Club Deportivo Maldonado, -Ουρουγουάη 16 (0)
- 2001/02: Α.Π.Ο. Ακράτητος Άνω Λιοσίων, 17 (0)
Διεθνής
- 1995-1997: Αργεντινή, 7 (0)
Προπονητική καριέρα
- 2004- : Ακαδημίες της River Plate
Τίτλοι
Συλλογικοί
Με την River Plate- Πρωτάθλημα Αργεντινής: 3 (Primera División 1989/90, Apertura 1991, Apertura 1997)
- Supercopa Sudamericana: 1997
- Πρωτάθλημα Ελλάδος: 2 (1994/95, 1995/96)
